１９５９年８月２８日出生于东京。小学时对漫画产生兴趣，当时的偶像是６０年代的大师石森章太郎。初中三年级时画出一部长达６０页的漫画，下场无考。升学时考入庆应高中，同时考入该校还有两人，并因为共同的兴趣与美树本成为极要好的朋友，即河森正治和细野不二彦。７８年轻松考入庆应大学，但由于精力投入漫画和同人志的制作，险些在一年级就留级，于是决定永不再画漫画。

　　但就在７９年，由于受《高达》的冲击，美树本再次拿起画笔，并着手组织自己的组织：ＦＡＮＣＬＵＢ。８０年在宫武一贵的介绍下在ＡＲＴＬＡＮＤ勤工俭学，制作动画，职务是最底层的仕上，参加过的动画有《新鲁邦三世》。

　　８２年，正是动画事业全力发展的时期，美树本选择了退学，决定投身动画业。同年，在好友宫武一贵（机械及世界设定）和河森正治（动画）的帮助下，推出了震惊日本的超经典大作——《超时空要塞ＭＡＣＲＯＳＳ》ＴＶ版。这部作品令整个日本动画界为之一振，从此迈向与电影同等的地位，令动画人物和声优首次真正偶像化，也使这三人小组合大放异彩。

　　８３年又推出一部ＴＶ版大作《超时空世纪》。８４年，《ＭＡＣＲＯＳＳ》剧场版《可曾记得爱》在“超高质量精密作画”的广告中上映，立即引起莫大轰动和不菲的票房。

　　１９８５年，ＯＶＡ制作在日本起步。美树本和他的ＭＡＣＲＯＳＳ制作班底紧跟着时代，也成为ＯＶＡ动画史的奠基人之一，《无限地带２３》的出现带起了ＯＶＡ精细制作的风潮。美树本在此部作品中担任策划和人物设计。

　　８６年，再度插手ＭＡＣＲＯＳＳ，推出ＭＴＶ专辑《超时空要塞ＦＬＡＳＨ　ＢＡＣＫ　２０１２》。这是美树本同时担任人物设计和作画监督的最后一部作品。